作为一部保护食品安全的法律，2009年出台的《食品安全法》需要与其他法律、行政法规相衔接。一个明显的例子是行政部门在对违反《食品安全法》的主体进行处罚时存在自由裁量权过大的问题。《食品安全法》第八十六条规定了有关主管部门可没收违法所得、违法生产经营的食品和用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品，并对违法生产经营者罚款或责令其停产停业、吊销许可证。
    中国人民大学法学院副院长胡锦光告诉记者，根据《行政处罚法》的规定，责令停产停业是一类单独的行政处罚，而吊销许可证或者暂扣许可证是另外一类单独的行政处罚，它们之间要根据行为的程度分别适用。现行的《食品安全法》对此的规定是由监管部门根据不同情形进行判断，这个自由裁量的弹性空间太大。此外，过大的裁量空间也为权力寻租提供了条件，因此需要在修法时进行修改，解决这一问题。
    在本次《食品安全法》修改中，曾有人提出应该对从事食品行业的人员实行资格准入制度，但这个建议却面临着《行政许可法》的限制。
    胡锦光告诉记者，对从事食品行业的人员实行资格准入制度，实质上是一种行政许可行为。而按照《行政许可法》第十三条规定，如果能通过四种方式规范的，则可以不设行政许可：公民、法人或者其他组织能够自主决定的；市场竞争机制能够有效调节的；行业组织或者中介机构能够自律管理的；行政机关采用事后监督等其他行政管理方式能够解决的。只有证明这四种方式都解决不了，才能规定必须经过许可才能从事食品行业。而且如果要确定这个职业准入资格的话，那么同样按照《行政许可法》的规定，只能由国家的法律和国务院的行政法规才能来设定，而不能由行政监管部门设定。
    《食品安全法》之所以和其他法律存在这么多衔接问题，在清华大学卫生法研究中心主任王晨光看来，一个重要原因在于对它的定位存在认识误区。“立法部门一直把《食品安全法》列为行政法，我认为它实际上已经不是一个简单的部门法，而是多个部门法综合在一起的。”王晨光表示，《食品安全法》是一个跨部门的法律，它涉及到市场、行政管理、执法。从内容来讲，它不仅仅涉及政府的监管行为，还涉及《刑法》和民事关系。因此，它不是一个单纯的行政法。
    黑龙江省食品药品监督管理局常务副局长张守文也表示，修订《食品安全法》应该是几部法同步修订，才具有可操作性。王晨光建议，在《食品安全法》的修订过程当中，最好成为由全国人大全体会议讨论通过的基本法。把《食品安全法》作为基本法来推动，有利于协调和其他法律关系，也有利于食品安全领域的监管。